共代谢，是指微生物从其他底物获取大部分或全部碳源和能源后将同一介质中有机化合物降解的过程。在有其他碳源和能源存在的条件下，微生物酶活性增强，降解非生长基质的效率提高的现象，亦称共代谢作用。土壤微生物通常不只利用一种碳源，而是同时利用多种碳源。共代谢过程已作为一种生物技术在芳香族化合物生物降解修复中得到广泛应用。
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